一般是认定不了的。对于某些其他的犯罪来说，即便被害人不承认也可以被认定，但是对于强奸来说真的是很难的。接下来我们详细说明一下。
从被害人这个角度来讲，犯罪大概可以分成以下三类：
一是不存在被害人的犯罪。
当然，这里的被害人只是指单独的自然人个体了，因为任何犯罪都是侵犯了一定的法益，侵犯了一定的合法的权益或者社会秩序等等，否则不可能被认定为是犯罪的行为。
比如我们经常见到的非法经营罪，就是一种不存在单独的自然人个体被害人的犯罪。这种行为属于违反国家的强制性的法规，在没有取得相应许可证的情况下经营某类特殊的物品，比如说经营彩票。这种情况下所侵害的就是国家的正常经营管理秩序，而非某个自然人了。
这种类型的犯罪自然而然就不需要某个被害人出来指认了，整个案件中的言词证据只需要证人证言和犯罪嫌疑人的供述和辩解就可以了。
二是存在被害人，但无需被害人指证的犯罪。
具体来说可以分成两类：
一类是被害人已经死亡的。这个比较好理解了，比如说故意杀人罪或者交通肇事罪，被害人已经死亡了，自然也不需要，也无法由被害人来指证了，但是还可以有其他很多的客观证据来佐证。
第二类是被害人还在，但是无需被害人指证，也能认定的。最典型的例子莫过于允许他人或者请求他人帮助自己自残或者自杀的行为。比如张三因为身患疾病不想活了，于是找到李四求李四帮忙解除痛苦，这个时候李四帮助张三实施了安乐死的行为，那么即便张三最终没有死，张三也强烈要求不追究李四的责任，并且明确表示是自己要求李四这么做的，但是一样也要追究李四故意杀人罪的刑事责任。
三是存在被害人，而且必须被害人指证才能够认定的犯罪。
最明显的例子就是强奸罪了，因为根据刑法的规定，强奸罪是指违背妇女意志，以暴力、威胁或其他方法，强行与之发生性行为的犯罪行为。
要认定一个行为构成强奸罪，需要满足两个条件：一是发生或意图发生性关系（从而认定未遂与中止），二是对于发生的性关系违背了妇女的意志。其中违背意志是根本所在，这也就意味着，如果妇女表示同意的话，那么就不是强奸行为。
当然，这里存在两种例外的情形，就是被害人属于未满14周岁的幼女或者属于无性防卫能力的精神病人。在这两种情况下，即便被害人表示同意，也是可以追究嫌疑人强奸罪的刑事责任的。
然而对于正常的被害人来说，如果予以否认的话，就很难追究嫌疑人的刑事责任了。当然从她个人的角度来讲，被害人可能出于维护自己的名誉、或者是怕担心难堪等等的因素而不愿意指认或承认，但是这样的话就难以认定违背妇女意志了。即便她的身上带了伤情，那么也有可能会也难以认定为违背意志，毕竟还是现实中还是存在一些“sm”的行为。不过，这样的话恰恰是让嫌疑人钻了法律的空子，让他逃避了处罚。
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